I takt med att bland annat Swish och Bank-ID används alltmer nyttjas de även som verktyg för att genomföra bedrägerier. De båda tjänsterna används i kombination med internetbankerna för att komma åt brottsoffrens pengar. Även telefonbedrägerier, till exempel så kallad vishing eller voice phishing, har ökat kraftigt under det senaste året. Under det första halvåret 2021 beräknas bedragarnas vinster ha ökat med 186 procent jämfört med samma period 2020. För att minska risken för bedrägerier är det viktigt att exempelvis inte lämna ut sina inloggningsuppgifter eller lösenord, särskilt inte via internet eller telefon.

Bedrägeribrotten leder också ofta till penningtvättbrott genom olika tillvägagångssätt som ibland involverar Swish. Pengar från bedrägerier förs över från ett konto till ett eller flera andra konton genom swish-betalningar innan beloppet tas ut i kontanter, omsätts i kryptovalutor, eller används för inköp av dyra varor. Upplägget kallas för skiktning och går ut på att försöka skapa flera lager av transaktioner för att dölja pengarnas ursprung. Att använda målvakter, det vill säga personer som låter någon annan använda deras konton, är också vanligt när det gäller penningtvättbrott.

Det nationella arbetet för att förhindra bedrägerier och penningtvättbrott förstärks kontinuerligt. I juni 2020 inledde polisen ett samarbete för informationsdelning med de fem största bankerna i Sverige. Samarbetet, som kallas SAMLIT (Swedish Anti-Money Laundering Intelligence Task Force), har nu övergått till att bli en del av det ordinarie arbetet mot penningtvätt. I maj 2021 infördes en ny brottsrubricering, olovlig befattning med betalningsverktyg, som ska underlätta arbetet mot bedrägerier som rör andra betalningsmedel än kontanter.